Como ocorre em grande parte do Noroeste Paulista, o município de Rubineia está totalmente inserido no bioma da Mata Atlântica. A fitofisionomia predominante é a Floresta Estacional Semidecidual, também conhecida como Mata Atlântica do Interior (ecorregião da Floresta Atlântica do Alto Paraná), caracterizada por vegetação que perde parte de suas folhas durante a estação mais seca do ano.

Entretanto, a vegetação original do município, assim como em toda a região, foi drasticamente reduzida, restando menos de 5% de sua cobertura original. Estima-se que, em Rubineia, aproximadamente 3% da vegetação ainda resista, principalmente na forma de mata secundária — áreas já alteradas pela ação humana — o que corresponde a cerca de 710 hectares.

Essa significativa redução da cobertura vegetal provocou impactos na biodiversidade local. Ainda assim, algumas espécies continuam relativamente comuns na região, como arara-canindé, papagaios e periquitos, tucanos, garça-branca-grande e gaviões, além de mamíferos como tamanduá-bandeira, tatu-bola, capivara, sagui e macaco-prego. Muitas dessas espécies são consideradas generalistas, adaptando-se com maior facilidade às mudanças ambientais, ou conseguiram se manter mesmo com a expansão das pastagens.

Atualmente, o desmatamento já não ocorre de forma significativa no município. Para reparar os impactos ambientais do passado, vêm sendo desenvolvidos projetos de recuperação da biodiversidade, com iniciativas voltadas principalmente para a restauração das matas ciliares. Como reconhecimento dessas ações ambientais, a Secretaria Estadual do Meio Ambiente concedeu ao município de Rubineia o selo de Município VerdeAzul, destacando seu compromisso com a preservação e a sustentabilidade ambiental.